No sólo los centros de investigación sanitaria: el IFCA pone su capacidad de analizar datos masivos en la lucha contra el coronavirus
Las aportaciones de los centros de investigación de Cantabria a la crisis del coronavirus no se están ciñendo sólo a los específicamente sanitarios, como el IDIVAL (Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla) o el IBBTEC (Instituto de Biología y Biotecnología), sino a otros como el IFCA, el Instituto de Física de Cantabria, centro mixto de la UC y el Consejo Superior de Investigaciones Científicas.
El IFCA, que ya desarrolló una app para ayudar en la formación de los sanitarios que encaran esta crisis, analiza datos masivos sobre el confinamiento y ofrece su infraestructura de supercomputación para analizar el coronavirus
ESTUDIO SOBRE LA EFICACIA DEL CONFINAMIENTO
Así, el IFCA participa en un nuevo proyecto del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) que utiliza la computación y las técnicas de ciencia de datos para comprobar cómo las medidas de confinamiento que se han tomado para parar la propagación de la enfermedad COVID-19 están siendo efectivas. Los resultados van a ser imprescindibles para mejorar las estrategias de distanciamiento social que se tomen en futuros brotes de esta enfermedad o de otras.
Para llevar a cabo la investigación, un equipo multidisciplinar con personal experto en computación, demografía, física y estudio del movimiento que cuenta con la participación del IFCA (CSIC-UC) está analizando datos masivos y de alta resolución que se están obteniendo desde operadores de telefonía y servidores de mapas.
Son datos que explican cómo ha cambiado la movilidad y los contactos sociales desde que empezó el confinamiento.
Los primeros informes están accesibles aquí. Este es uno de los 12 proyectos de la plataforma temática interdisciplinar (PTI) que ha lanzado el CSIC para estudiar el coronavirus SARS-CoV-2.
El proyecto está coordinado por el Instituto de Física de Sistemas Complejos (IFISC) y el Centro de Estudios Avanzados de Blanes (CEAB) y el CREAF. Cuenta con la participación de equipos del Instituto de Economía, Geografía y Demografía (IEGD), del Instituto de Física de Cantabria (IFCA), del Centro Nacional de Biotecnología (CNB), así como de científicos de la Universidad Pompeu Fabra y del Centro Nacional de Epidemiología-Instituto de Salud Carlos III (ISCIII).
Con toda la información reunida, el equipo simula diferentes escenarios o estrategias de distanciamiento social y ayuda para la toma de decisiones.
Un segundo aspecto es el cambio de comportamiento de las personas debido a la percepción de riesgo.
OFRECE RECURSOS DE COMPUTACIÓN PARA EL ESTUDIO
Por otra parte, el Instituto de Física de Cantabria ofrece los recursos de su centro de computación dedicados al experimento CMS, uno de los dos grandes detectores del Gran Colisionador de Hadrones (LHC) del CERN, para estudiar la estructura molecular del COVID-19.
Junto a otros centros Tier-2, el IFCA colabora así con la iniciativa internacional Folding@home, desarrollada y operada por la Universidad de Stanford para estudiar los mecanismos de reproducción de distintas enfermedades.
Con respecto al nuevo coronavirus SARS-COV-2 que provoca la COVID-19, Folding@home requiere de la colaboración de centros de computación de todo el mundo.
El Grupo de Altas Energías del Instituto de Física de Cantabria forma parte del experimento CMS, uno de los grandes detectores del Gran Colisionador de Hadrones (LHC) en el CERN.
Este experimento se dedica al estudio de los bloques fundamentales de los que está hecha la materia y para ello se necesita procesar y analizar las enormes cantidades de datos que genera.
El experimento CMS dispone de una estructura de computación distribuida (GRID) para que dicho procesado se comparta entre centros de computación de los diferentes países.
El IFCA, dentro de su infraestructura de computación gestionada por el grupo de Computación Avanzada y e-Ciencia del IFCA, alberga uno de los 3 nodos de computación españoles dedicados al procesamiento de datos de CMS.
El proyecto Folding@home, el más grande del mundo en cuanto a computación distribuida, está especializado en utilizar recursos de cálculo para realizar simulaciones de las proteínas ‘en movimiento’, buscando así puntos débiles en el mecanismo que utilizan los virus para infectar las células humanas. Utilizando este método, este equipo formado por laboratorios de los Estados Unidos y Europa.
El IDIVAL ANALIZARÁ DATOS A GRAN ESCALA DENTRO DE UN PROYECTO EUROPEO
Por su parte, el Instituto de Investigación ‘Marqués de Valdecilla’, ha sido elegido uno de los primeros 20 Data partners a la plataforma europea IMI_EHDEN para la investigación y análisis a gran escala sobre datos en salud siguiendo el protocolo OHDSI.
Este instituto investigador, que ha reorientado todos sus proyectos de investigación al estudio del coronavirus, ha impulsado un programa de donaciones “COLABORA Valdecilla” por medio del cual destina todos los fondos recaudados a INVESTIGAR contra el COVID-19.
En la lucha contra el coronavirus, IDIVAL ya ha puesto en marcha varias iniciativas como la apertura de un laboratorio COVID-19 en el que se analizan muestras para identificar posibles positivos y está gestionando varios proyectos de investigación. IDIVAL trabaja intensamente en nuevos proyectos e investigaciones para buscar soluciones reales al problema actual con el SARS-CoV-2.
Finalmente, Valdecilla, a través de su servicio de psiquiatría, participa en un estudio nacional sobre el coronavirus, centrado en este caso en el impacto emocional tanto entre los afectados como en el conjunto de la población. El estudio, con una encuesta anónima, entra ahora en una segunda fase.
